Algumas doenças endocrinológicas podem estar associadas à gestação, dentre elas, as alterações da tireóide são as mais comuns, mesmo em mulheres que não apresentam tireoidopatias antes de engravidar. Devem ser adequadamente acompanhadas e tratadas pois podem levar a perdas fetais e parto prematuro.

O Diabetes também precisa ter acompanhamento rigoroso na gestação, tantos nos casos de doença já ser conhecida antes de a mulher engravidar, quanto nos casos em que a doença se desenvolveu na gestação (Diabetes Gestacional).

Alterações na glândula adrenal podem cursar com Hipertensão Arterial de aparecimento precoce e de difícil controle, aumento de peso, estrias arroxeadas em abdome, aumentos de pêlos, acne.
O endocrinologista também acompanha pacientes com Síndrome dos Ovários policísticos, alterações na puberdade e crescimento e deficiência confirmada de testosterona.

O tratamento de reposição hormonal visa aliviar os sintomas, utiliza-se hormônios estrogênicos e a progesterona natural, semelhantes aos produzidos naturalmente pela própria mulher.

A cirurgia bariátrica é uma estratégia de tratamento para os pacientes que convivem com obesidade grave ou com complicações do ganho de peso nos quais o tratamento clínico não foi eficaz. O endocrinologista avalia quais pacientes têm indicação de cirurgia bariátrica e faz o acompanhamento pós operatório em relação às reposições de vitaminas e gerenciamento de um estilo de vida saudável para manutenção do peso perdido.

A terapia hormonal para pessoas com incongruência de gênero deve sempre ser prescrita e acompanhada por endocrinologista com experiência na área através de exames periódicos.